Embora não seja explicado em detalhes, não acho que seja um buraco.
Primeiro de tudo, a Grã-Bretanha não tem pena de morte, então o Eurus tem que estar em algum lugar. É claro que sabemos que o governo britânico pode empregar assassinos a tempo (Mary e sua equipe AGRA, por exemplo), mas é improvável que Mycroft permita isso. Lembre-se de quão poderoso ele é no governo ("Ele é o governo", como Sherlock o descreve na primeira temporada).
Então, o Eurus tem que estar trancado em algum lugar. Como explicado no episódio, Sherrinford é a prisão mais segura da Grã-Bretanha. Não é perfeito, mas a segurança perfeita não existe. E, como na maioria das violações de segurança, o problema não é a tecnologia (a instalação de Sherrinford), mas um problema humano. Com o precedente da manipulação do governador que leva ao seu suicídio em mente, todos seguirão as diretrizes de Mycroft, inclusive Mycroft.
Além disso, podemos considerar que o Eurus não é mais uma ameaça . Ou pelo menos uma ameaça menor. De fato, olhe para o enredo do episódio. Ela não queria se vingar de Sherlock, ou mexer com ele, mas ela estava procurando por afeto fraternal de Sherlock em seu jeito maluco. Como dito no episódio, Sherlock era o seu favorito quando eram crianças. Ela ficou com ciúmes de Redbeard e acidentalmente o matou. Acidentalmente, porque é claro que o enigma era apenas uma maneira de jogar com Sherlock e chamar sua atenção. Note que ela usou os túmulos com datas erradas que Sherlock adorava como chave para o seu enigma. Além disso, o jogo de avião é uma metáfora de sua situação, distante das pessoas e um pedido de ajuda para Sherlock.
Como sociopata, ela é um perigo para as pessoas e pode prejudicá-las. Mas ela agora reiniciou um relacionamento com seu irmão e com seus pais, então ela agora está sob controle em Sherrinford.