Ela quis dizer que estava certa em confiar em Bond para fazer o trabalho, mesmo que ele falhasse nos testes e falhasse nas outras escolhas.
M aceita seu fracasso um pouco antes de se preparar para Silva.
M: I f**ked this up, didn't I?
James: No. You did your job.
Ela estava certa em uma escolha e James Bond provou que ela estava certa. É tudo o que ela quis dizer com esse diálogo.