Você tem alguns mal-entendidos, o que explica as discrepâncias que você vê.
Para começar, Seoni não tem o que você acha que ela tem. Os bônus listados para ela representam todos os bônus para essas habilidades, e não apenas as posições. Ou seja, seu lagarto familiar dá +3 à Climb, que é responsável pela totalidade do bônus +3 listado para ela, então ela tem zero postos nisso.
Além disso, Prontidão adiciona +2 à Percepção e ao Sentido Motivo, e < href="http://www.d20pfsrd.com/traits/race-traits/world-traveler-human"> Viajante Mundial adiciona +1 à Diplomacia, Conhecimento (local) ou Motivo do Sentido e torna o habilidade escolhida uma habilidade de classe. Estas são ambas habilidades de Sabedoria, então +1 para 13, para +3 de Percepção e +4 de Sentido. Então, o zero também está nessas habilidades. Note que Sense Motive é uma habilidade de classe para ela, graças ao World Traveler, mas ela não recebe o +3 porque ela não tem o rank 1.
Além disso, os traços raciais humanos incluem um 1 ponto de habilidade extra por nível, de modo que traz Seoni a 3. E qualquer um pode escolher 1 ponto de habilidade por nível ao tomar um nível em sua classe favorita, 1 que a traria para 4, mas Seoni escolheu jogar o HP +1 (daí seu 1d6 + 2 com apenas o Con 12). 2
Por fim, a linha de sangue arcano da Seoni acrescenta uma habilidade de Conhecimento como uma habilidade de classe. Nesse caso, a escolha de Seoni foi Conhecimento (planos), e isso explica o bônus de +4.
Assim, Seoni tem 3 pontos de habilidade (dois de feiticeiro, um de humano), em Blefe, Conhecimento (aviões) e Magia.
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Os humanos podem ter qualquer classe como sua classe favorita; para Seoni, isso é claramente feiticeiro.
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Outras opções são definidas para uma determinada combinação de corrida / classe, como a “Adicionar uma magia conhecida da lista de feitiços de feiticeiro. Esse feitiço deve ter pelo menos um nível abaixo do nível de magia mais alto que o feiticeiro pode conjurar ”, opção adicionada pelo Guia Avançado do Jogador para feiticeiros humanos. Mas o 1 HP ou o 1 ponto de habilidade são sempre opções.
Como um complemento completo, tudo o que foi descrito acima foi difícil - originalmente eu não podia explicar os bônus Percepção e Sentir Motivo porque eu esqueci que Seoni tinha Sabedoria 13 (graças a @ user28605's answer para apontar para fora). E eu tenho um monte de familiaridade com essas regras.
Em última análise, os personagens icônicos são apenas para ser jogados, como é, muitas vezes pelo GM como um NPC. Eles não são realmente úteis para tentar entender o jogo, porque eles não detalham quais bônus vêm de onde. Mesmo jogando como Seoni ficaria muito difícil no momento em que ela subir de nível, desde então você precisaria saber sobre seus níveis de habilidade.Então, eu sugiro que tentar entender as estatísticas finais de um personagem concluído e a engenharia reversa de onde todos os bônus vieram é um processo muito difícil e demorado. Se você é novo no jogo, provavelmente não vale a pena tentar fazê-lo.