Primeiro, três camadas de telhas indicam que você precisa refazer o telhado completamente em breve. Você está no seu auge e, francamente, acho que até duas camadas são um sinal de telhados preguiçosos.
Dito isto, as tampas de ventilação são mais eficazes quando instaladas de modo a que a água corra sobre elas a partir das telhas superiores e depois de volta para as telhas inferiores, como tal:
Então, você deve definitivamente colocar a tampa em TODAS as camadas de telhas acima e sobre TODAS as camadas de telhas abaixo.