Segundo o arquiteto, o Neo é projetado, mas não geneticamente:
The function of the One is now to return to the Source, allowing a temporary dissemination of the code you carry, reinserting the prime program.
...
Your 5 predecessors were, by design, based on a similar predication - a contingent affirmation that was meant to create a profound attachment to the rest of your species, facilitating the function of the One.
The Matrix Reloaded
Ele é projetado para executar a função do Um, que inclui uma disseminação temporária do código carregado pelo Um. Os genes são um tipo de código, mas o Arquiteto provavelmente está se referindo ao código de máquina, já que o código do Neo é disseminado quando ele retorna à Fonte (uma máquina).
Em outras palavras, ele é um humano normal a quem foi dado um código especial (software) pelas máquinas para realizar a função do Um.