O próprio Dumbledore diz em Enigma do Príncipe que Gaunts tinha uma tradição de se casar em sua própria família.
"Voldemort's grandfather, yes," said Dumbledore. "Marvolo, his son, Morfin, and his daughter, Merope, were the last of the Gaunts, a very ancient Wizarding family noted for a vein of instability and violence that flourished through the generations due to their habit of marrying their own cousins.
~Half-Blood Prince, Ch 10: The hour of Gaunt
No site da Wiki de Harry Potter (na seção de Marvolo Gaunt) o nome de sua esposa não é mencionado nem mesmo na árvore genealógica Gaunt.
It was never mentioned about Marvolo's wife or how she was absent from the Gaunt shack (arguably most likely dying sometime before the arrest of her husband and son), but it could be surmised that given his terrible treatment of Merope, Marvolo also made for a horrible husband. (Link: http://harrypotter.wikia.com/wiki/Marvolo_Gaunt)
Outro link confirma a afirmação de Gaunts se casando com a família:
The Gaunts are an ancient, in-bred, Pure-blood Wizarding family, direct descendants of Salazar Slytherin.
Então eu acho que é seguro assumir que ela era definitivamente um membro da família, um primo mais provável.