O motivo é que pelo menos os fones de ouvido intra-auriculares mais baratos vazam muito mais som do que os fones de ouvido fechados ou melhores do que os fones de ouvido fechados. Pode ser muito chato se sentar ao lado de alguém usando esses fones de ouvido com o volume aumentado.
Em vez de argumentar em cada caso sobre quais fones de ouvido são aceitáveis e quais não são, a companhia aérea provavelmente proíbe fones de ouvido em geral. Se você usou algum, mas não o perturbou, os comissários de bordo não tiveram motivos para pedir que você se abstenha do uso.