A menos que você tenha razões para acreditar que a saída do poço esteja contaminada, e supondo que você tenha acesso legal à lagoa, esta é uma solução perfeitamente viável. De fato, mesmo que a lagoa acabe (ou ocasionalmente) drenando em um córrego, o efeito de filtragem natural do processo deve permanecer um tanto intacto.
Como Tester101 aponta, as leis locais e estaduais podem ser aplicadas. Na minha experiência, não há problema em ejetar água subterrânea em uma área úmida de maneira não destrutiva. Temos sistemas geotérmicos de circuito aberto em áreas úmidas adjacentes e, em Minnesota, as áreas úmidas são estritamente protegidas.