Se a África do Sul tiver controles de saída, use seu passaporte sul-africano quando sair do país, pois isso corresponderá aos registros da África do Sul.
Ao entrar no Reino Unido, apresente seu passaporte do Reino Unido e pegue a linha de cidadão da UE. Você pode ser questionado quanto à sua situação. Se sim, seja honesto. "Eu sou um cidadão sul-africano que recentemente descobriu que eu tinha direito a um passaporte do Reino Unido por causa do meu pai, então esta é a primeira vez que estou usando meu novo passaporte no Reino Unido." Não haverá absolutamente nenhum problema com isso.
Meu cunhado é americano e recentemente obteve sua cidadania canadense. Em sua primeira apresentação de seu passaporte canadense na alfândega do Canadá, o oficial da imigração o parabenizou por sua cidadania e apertou sua mão, para recebê-lo na família, por assim dizer. Portanto, não tenha receio aqui. Se qualquer coisa, isso será positivo, não negativo.