Uma história com alguns pontos em comum, mas nem todos , é Órfãos do Caos . Não creio que essa seja a resposta, mas pode ser que outra pessoa esteja seguindo o mesmo título e palavras-chave.
Escola para crianças superdotadas: confira. Professores como antagonistas: verifique. Tema um tanto bíblico: isso também. Crianças descobrindo poderes, confira. Na segunda parte do livro, há também a sensação de destruição iminente (que foi a razão pela qual o recluso das crianças estava em primeiro lugar).
Primeiro livro de uma série (Chaos Chronicles).
Mas no livro as crianças são órfãs (ou acreditam que sim), então não pode haver cena de pai.