Infelizmente, neste caso, o senso comum supera o orgulho político: entrar em Taiwan é considerado como deixar a China , e você precisará de um visto de múltiplas entradas para voltar ao continente. (Aliás, o mesmo se aplica a Hong Kong e Macau.)
Estou com dificuldades para encontrar uma fonte autorizada, mas este agente aleatório de visto chinês (aparentemente proibido aqui , substitua "X" por c) e este tópico da Árvore de Espinhos confirme:
double or multiple entry visas would be required if you ... travel between mainland China and Hong Kong or Macau or Taiwan on the same tour.