Eu acho que sua suposição inicial - que bruxos e bruxas têm que seguir as leis trouxas - é simplesmente errada. Magia dá às bruxas e magos tanto poder que a única coisa que os impede de assumir é que há tantos trouxas. Em seu primeiro exemplo, nenhum trouxa saberia sobre poções para começar, então "Legal" e "Ilegal" simplesmente não entra nele. Em seu segundo exemplo, nenhum tribunal de justiça trouxa, custódia protetora, proteção a testemunhas, ou mesmo força militar total podem resistir a um grupo de aurores. O mundo trouxa não tem proteção para oferecer.
Em suma, para bruxas e bruxos, as únicas leis que importam são aquelas impostas pelo Ministério da Magia. Não há conflito com as leis trouxas porque as leis trouxas simplesmente não contam - elas são inaplicáveis.