Não , eles não carimbarão um passaporte expirado. Não há problema em vistos anteriores terem excedido a validade de um passaporte, mas nenhum país carimbará um visto que inicie depois que o passaporte expirar. Por exemplo, Requisitos de visto de turista da Indonésia :
Passport still valid at least 6 months from the date of entry
A Malásia não será um problema, os cidadãos ucranianos não precisam de um visto com antecedência e seu carimbo de passaporte é bem pequeno, então eles vão colocá-lo em algum lugar em seu passaporte atual. Cingapura exige um visto, mas é um visto eletrônico e o carimbo de entrada é ainda menor, então também não há problema.
Seu problema provavelmente será a Indonésia, que requer um visto antecipado e usa adesivos de página inteira para seus vistos. Então, você precisará de pelo menos uma página completamente vazia no seu passaporte atual para isso.