Não, uma explicação oficial ou um retcon nunca foi oferecido.

Dito isto, não está claro se é necessário. Enquanto a localização exata do território controlado por Khan não é precisamente definida em "Space Seed", ficou claro que seu governo estava confinado à Ásia:

SPOCK: From 1992 through 1996, absolute ruler of more than a quarter of your world. From Asia through the Middle East.

Os locais das batalhas que resultaram em seu depoimento e fuga não são explicitamente mencionados, mas é sugerido em "Space Seed" que estava em luta entre os próprios super-homens que os enfraqueceram e abriram caminho para sua derrota. Pode muito bem acontecer que a maioria das batalhas das Guerras Eugênicas tenha sido travada em solo controlado pelos déspotas (portanto, tendo um efeito mínimo na América do Norte).

Em vários materiais estendidos do universo, incluindo a bem recebida série de livros de Greg Cox, The Rise and Fall, de Khan Noonien Singh, é indicado que Khan reinou sobre o Oriente Médio e algumas partes do sul e da Ásia central. Coerente com isso, outros romances indicam que os programas de reprodução seletiva que deram origem a Khan e sua turma foram conduzidos em países com pouca ou nenhuma legislação contra experimentos genéticos e com muitas pessoas pobres que desejam ser expostas a tais experimentos por dinheiro, e Foi nesses países que os sujeitos foram criados e, eventualmente, assumiram o poder. Nada no cânon contradiz isso.

É, portanto, plausível que a América do Norte tenha sido mais ou menos afetada pela ascensão e queda dos super-homens. Em particular, não há indicação de que um aumento tenha tomado o poder no mundo ocidental ou que qualquer batalha na Guerra Eugenica tenha sido travada em solo ocidental.

Então, em certo sentido, pode não haver conflito no universo com a Los Angeles de 1996 que vemos em Voyager e, portanto, sem necessidade de um retcon.

    

As Guerras Eugênicas foram resultado dos experimentos com a criação de Augments no final do século XX.

Os episódios da Enterprise retrocederam parcialmente as Guerras Eugênicas em uma guerra política / por trás das cenas no começo, com os Augments tomando o poder em mais de 40 nações . Pouco tempo depois, as Guerras Eugênicas irromperam em um conflito real, e populações inteiras foram bombardeadas para fora da existência.

No entanto, a retificação não a tornou consistente com a nossa história da vida real, de acordo com a Memória Alfa. A guerra total mencionada acima teria terminado em 1996, quando Khan foi finalmente derrubado.

Se você está disposto a sair do cânone, então as Guerras Eugênicas foram retificadas em algo que pode ter sido possível dada a história da vida real - do Memory Beta, na série de livros As guerras de eugenia :

The wars involved the progeny of a genetic engineering project, who established themselves as supermen and attempted world domination. They were shadowy conflicts fought behind the scenes of current events, against elusive and conspiratorial enemies whose genetically engineered origins remained largely unknown to the general public. Most people were not even aware of the global struggle against the genetically enhanced "Augments", seeing only scattered brush fire wars and random acts of terrorism. The Augments ended up fighting amongst themselves and were eventually overthrown due to their disunity.

    

Existe realmente uma referência às Guerras Eugênicas no DS9, quando é revelado que

Dr. Bashir was genetically enhanced.

Em entrada na Wikipédia na Timeline of Star Trek :

A reference in the Deep Space Nine episode "Doctor Bashir, I Presume?" suggests that the Eugenic Wars instead took place in the 22nd century. According to writer Ronald D. Moore, this was not an attempt at a retcon, but a mistake – when writing the episode, he recalled the already questionable "two centuries ago" line from "Space Seed" and forgot that DS9 takes place over 100 years later.

    

Nota: isso é mais planejado para complementar a resposta do @Praxis ao invés de ser uma resposta completa por si só, mas eu ainda acho que isso levanta alguns pontos úteis.

Vamos primeiro recapitular o que sabemos do cânon sobre as guerras da Eugenia:

TOS 'Semente Espacial':

SPOCK: No such vessel listed. Records of that period are fragmentary, however. The mid=1990s was the era of your last so-called World War.

MCCOY: The Eugenics Wars.

Isso sugere que o que sabemos ser a Terceira Guerra Mundial (que é referenciada em TNG como apontado na pergunta) é na verdade as Guerras Eugênicas.

Mas antes de chegarmos a tais conclusões, vamos continuar com o que mais sabemos.

DS9 'Doutor Bashir, eu presumo

BENNETT: I don't think so. Two hundred years ago we tried to improve the species through DNA resequencing, and what did we get for our trouble? The Eugenics Wars

Agora, este episódio é definido em 2373 ( source ), colocando a Eugenia em sobre os anos 2170. Se assumirmos que Bennett estava usando isso de maneira imprecisa, poderia ser definido no final do século 21, início do século 22. Isso faria sentido, já que é muito improvável que tenhamos uma guerra de Eugenia acontecendo durante Enterprise (que começou em 2151!)

ENT 'Incubatório':

ARCHER: My great grandfather was in North Africa during the Eugenics Wars.

Se considerarmos que uma geração é de cerca de 30 anos (veja minha resposta aqui ), e Archer foi Nascido em 2112 ( source ), seu pai teria nascido por volta de 2085 e o avô de Archer, por volta de 2055. Se o grande arqueiro o avô tinha cerca de 30 anos em 2055, esse seria o tempo geral em que ele servia no norte da África durante as guerras de eugenia.

Há uma última evidência que gostaria de citar em relação a isso: os eventos do First Contact . Isso deve ocorrer em 2063, logo após a guerra nuclear da 3ª Guerra Mundial.

Com base nas citações acima, eu postularia que as guerras de eugenia eram, se não pelo menos um precursor da, então a Terceira Guerra Mundial. Isso os colocaria em uma faixa da metade dos anos 90 até meados do século 21.

Então, isso explica a confusão entre DS9 e TOS / ENT .

    

Dois romances de Greg Cox, Ascensão e Queda de Khan Noonien Singh, Volume 1 e < a Ascensão e Queda de Khan Noonien Singh, Volume 2 , cobrem as Guerras Eugênicas.