ScreenRant.com compilou uma lista de todas as diferenças . Não vou passar por toda a lista, mas algumas das mudanças mais importantes são:
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A mulher de Nairomi, que na versão teatral só vemos testemunho em uma audiência no Senado, recebe uma subtrama mais significativa. Nós nos encontramos com ela algumas vezes, e finalmente aprendemos que
Lex Luthor paid her to lie in her testimony, to make Superman look bad
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A introdução de Clark ao The Bat é mais longa, abrangendo várias cenas em que ele investiga a morte do Human Trafficker, batizado por Batman. Faz um pouco mais de sentido, em vez de ele ver uma reportagem e ser violentamente perturbado por ela
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As investigações de Lois são mais longas e respondem a várias perguntas que ajudam o filme a fazer mais sentido
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Há um pouco de sequência com Lex depois da batalha final
Há um monte de mudanças, com diferentes graus de duração e necessidade, mas você pode passar pelo artigo do ScreenRant se quiser o run-down completo. A maioria das adições são cenas que foram cortadas para evitar a classificação R (violência, palavrões, abuso de substâncias, nudez), pequenos momentos de caráter ou cenas menores de esclarecimento.
Os méritos do próprio filme de lado, pessoalmente eu achei a Ultimate Edition para ser uma melhor apresentação; o enredo estava mais apertado e os arcos de personagem estavam melhor desenvolvidos. Se você for comprar mesmo assim, o Ultimate Edition vale o dinheiro.