O Corpo foi destruído ou removido da casa, e nunca visto pelo ministério.
No livro 4, descobrimos que o ministério pressupõe Voldemort no exílio:
The four of you stand accused of capturing an Auror - Frank Longbottom - and subjecting him to the Cruciatus Curse, believing him to have knowledge of the present whereabouts of your exiled master, He-Who-Must-Not-Be-Named
Se alguma das partes tivesse pensado que ele estava morto, os Longbottoms não teriam sido torturados ou essa frase não teria sido usada.
A única conclusão lógica a que posso chegar é que o corpo foi destruído, seja quando a casa também foi destruída ou por outra pessoa logo após sua morte.