Will those fingerprints create a problem or not?
Provavelmente.
Does the Polish embassy take fingerprints while processing the visa?
Sim.
If yes, are these fingerprints checked against fingerprints taken elsewhere in Europe?
Sim, mas não contra todas as impressões digitais tiradas em outros lugares da Europa. As autoridades italianas podem ou não ter adicionado as impressões digitais às bases de dados que a embaixada polaca verificará.