Uma vez que ele pega Wolfsbane Potion, ele não seria um perigo para ela.

Quando Lupin pega sua poça de Wolfsbane, isso não faz dele um perigo para os outros. Isso permite que ele mantenha sua mente, e enquanto ele estava em Hogwarts, ele seria capaz de se enrolar em seu escritório e esperar até que terminasse.

“The Potion that Professor Snape has been making for me is a very recent discovery. It makes me safe, you see. As long as I take it in the week preceding the full moon, I keep my mind when I transform … I am able to curl up in my office, a harmless wolf, and wait for the moon to wane again.” _{^{- Harry Potter and the Prisoner of Azkaban, Chapter 18 (Moony, Wormtail, Padfoot and Prongs)}}

Ele poderia fazer algo parecido enquanto morava com Tonks. Ele poderia entrar em um quarto vago e esperar sua transformação da mesma maneira que ele fez em Hogwarts. Ele ainda teria sua mente, então ele não tentaria escapar e comer Tonks, ou acabar destruindo a casa.

De Página de Pottermore para Remus Lupin:

One development in the wizarding community gave Remus hope: the discovery of the Wolfsbane Potion. While this did not prevent a werewolf losing his human form once a month, it restricted his transformation to that of an ordinary and sleepy wolf.

Eu acho que é seguro assumir que Lupin levaria sua poção wolfsbane regularmente e daí, Tonks não precisaria se preocupar muito com isso.