É possível, mas improvável. O fato de seu passaporte ter sido carimbado na Holanda e não na Alemanha não é particularmente importante.
Você pode incluir uma declaração em seu aplicativo explicando como seus planos foram alterados e qualquer evidência de seu tempo na Alemanha mostrando que o objetivo de sua viagem não foi alterado, mesmo que sua viagem à Alemanha tenha sido por um caminho diferente. Essa prova pode ser uma cópia dos seus cartões de embarque ou do hotel ou outros recibos da sua estadia na Alemanha.