Como tal, usar um passaporte diferente para embarcar no avião do que o que você planeja usar para entrar no país de destino não é um problema e provavelmente muito comum. Se houver um passaporte de saída no país que você está deixando, você também pode mostrar um passaporte diferente no check-in e para os guardas de fronteira ou, se não tiver certeza, basta mostrar os dois passaportes e explicar sua situação.
No entanto, uma questão neste caso é que os detalhes do passaporte que você fornecer à companhia aérea serão comunicados às autoridades dos EUA antecipadamente. E praticamente todo mundo além dos cidadãos americanos precisa de alguma forma de autorização avançada para ter o direito de entrar no país.
Como o uso do passaporte da UE para entrar no país exigiria um visto ou um ESTA (se for elegível), presumo que as autoridades dos EUA possam verificar automaticamente se você tem um desses (o que você não deveria, eu acho ) com base nas informações comunicadas pela companhia aérea. Se isso for verdade, então você precisará solicitar com antecedência para poder embarcar no avião.
Também encontrei o seguinte em um CBP FAQ sobre o ESTA :
If you are a citizen of the U.S., and also of a VWP country, you should not be applying for ESTA. One of the requirements of being a naturalized U.S. citizen is that you apply for, and use, a U.S. passport for your travels. While we are aware that in some cases, naturalized U.S. citizens use their alternate country's passport to travel, our expectation is that you will use the U.S. passport to travel from another country to the U.S. at both points of travel, departing the foreign country, and arriving into the U.S.
If you have a true emergency, and are unable to obtain a U.S. Passport before your travels and have only a VWP-eligible country's passport, then you will have to file with ESTA to use that passport to travel to the U.S., and you will have to use the non-resident queue when arriving at the U.S. airport using the foreign passport. Note: It is important to PRINT a copy of the document for your records. The printout is not required upon arrival into the United States, as the officers have the information electronically. Some airlines require the printout upon check-in, please check with your respective airline.
Obviamente não se pretende que seja uma explicação completa da lei e do tipo de dança em torno da questão do que é realmente permitido ou não e quais as consequências, mas isso implica que eles não querem que você solicite um ESTA e viajar em seu passaporte fora dos EUA. Ao mesmo tempo, o texto também sugere que é uma possibilidade e que as pessoas se safam. (Confusamente, apenas discute "cidadãos norte-americanos naturalizados", mas achei que esse requisito se aplica a todos os cidadãos americanos).
A abordagem mais simples é embarcar no avião na UE com o seu passaporte dos EUA, usá-lo para passar pela alfândega / imigração em NYC e só mudar para o passaporte da UE ao entrar no próximo país. ou outros países da América Central) não vai saber ou se preocupar com o passaporte que você usou para embarcar no avião. Os países da UE também não se importam, mas você pode sempre mostrar que a fronteira protege seu passaporte da UE e usa a fila de "cidadãos da UE", mesmo que você tenha usado seu passaporte americano para fazer o check-in.
Para o voo de retorno, você pode usar a mesma abordagem. Como os cidadãos dos EUA desfrutam de acesso sem visto a todos os países da UE, você provavelmente não será questionado se usar seu passaporte americano. Mas, se necessário, você ainda pode mostrar os dois passaportes para a companhia aérea e, no entanto, solicitá-los a registrar os dados do passaporte dos EUA para fins do APIS, eliminando assim a necessidade de um ESTA ou de um visto. (Mostre o passaporte da UE aos guardas de fronteira no país da América Central de onde você está saindo, para que eles vejam os vistos relevantes ou os carimbos de entrada, conforme aplicável.)
Você pode até ter um visto para o seu destino final (se necessário) em outro passaporte diferente do registrado no sistema APIS para o benefício das autoridades dos EUA. Se você precisar de um visto, o pessoal responsável pela assistência em terra no aeroporto de partida provavelmente vai querer vê-lo também - para garantir que você tenha o direito de entrar no seu destino final - mas isso não é um problema: você pode mostrar a ambos os passaportes e pedir-lhes para inserir os detalhes do passaporte dos EUA em seu sistema.