Eu acredito que você está correto em assumir que um switch controlava o ventilador e um controlava as luzes originalmente.
Meu palpite é que a fiação no ventilador tem apenas os fios vermelho e preto conectados ao lado da linha do receptor sem fio, o que permitiria que qualquer um dos interruptores ligasse a ventoinha / luz.
Eu olharia a fiação no ventilador para confirmar isso. Se eu estiver correto, então sim, você deve ser capaz de desconectar o fio vermelho. Eu o desconectaria do ventilador e da chave na caixa e tamparia as duas extremidades.