Eles agem por iniciativa própria com os comandos que você lhes dá (Comando / Uso de tecnologia conforme as regras / o GM). Se o mestre preferir simplificar, ele pode agir no final de sua ação ou no final da rodada.
Desde que os comandos necessários sejam fornecidos, não vejo razão para não usar os dois ao mesmo tempo. Dar ações diferentes levará esforço adicional embora ("Todos vocês, inicie o delta de macro de combate" é um comando que pode ser dado a várias unidades facilmente, enquanto "Você, ataque eles e você, curem ele" é dois comandos separados que levam mais tempo para transmitir.).
Também depende do GM se isso necessariamente constitui uma ação para emitir o comando. Provavelmente é tecnicamente uma meia ação dar um comando a um subordinado (nenhum livro de regras à mão), mas pode ser feito um handwave para tarefas repetidas regularmente (se o seu servo-crânio estiver pronto para curar alguém quando ele perceber que foi cortado aberto, então você não precisa fazer um comando separado para essa ação).