O filme não explica como Valentine fez isso. Então, vou dar uma resposta baseada em livro, juntamente com alguma especulação leve. No livro, Valentine aparece de fora, graças ao uso de outro portal. Isso faz parecer que ele está aparecendo do nada. Minha especulação é que ele usou outro portal no filme e o usou para acessar o portal no Instituto. Se eles fizerem a sequência, o conhecimento de múltiplos portais da cidade "pode" chegou a ser, ou pode não ser. Mas, dado o conhecimento no livro, acho que é seguro acreditar que ele usou outro portal.