Seu feiticeiro não pode trocar em uma magia de 2º nível
Como você observou, as regras de multiclasse dizem que:
You determine what spells you know and can prepare for each class individually, as if you were a single-classed member of that class.
Quando você está substituindo feitiços, você está determinando qual feitiço você não conhece mais e que feitiço você faz. Ou seja, de forma mais geral, você está determinando quais feitiços você conhece de uma de suas classes. Assim, as regras de multiclasse aplicam-se.
No seu exemplo, você determina quais feitiços sabe como se fosse apenas um feiticeiro de nível 2 e nada mais. Um feiticeiro de nível 2 puro não tem espaços mágicos de 2º nível, então eles não podem substituir uma magia conhecida por uma magia de 2º nível no nível acima. E seguindo as regras multiclasse, isso nos diz que um feiticeiro multiclasse de nível 2 também não pode substituir uma de suas magias de feiticeiro conhecidas por uma magia de 2º nível.