Resposta curta
As partículas de ar seriam removidas quando o novo corpo estivesse sendo construído.
Resposta completa
Eu passei muito tempo, e estou pensando por um longo tempo pensando sobre isso e revisando as informações no Star Trek: O Manual Técnico de Escritores da Próxima Geração, Quarta Edição da Temporada . E continuo voltando aos pontos que levantei em outra pergunta. Enquanto isso fornece suporte, não é uma resposta completa. Vou incluir algumas dessas respostas aqui como explicação.
Eu estou indo para a minha fonte para isso, um que eu citei aqui antes, o Star Trek: Manual Técnico dos Escritores da Próxima Geração, Quarta Edição da Temporada . Isso foi enviado diretamente para mim, em um pacote de arremesso feito pela Supervisor de Roteiro da ST: TNG, Lolita Fatjo, quando fui convidado para apresentar idéias de estórias aos produtores. Este é um dos Guias dos Escritores enviado para aqueles que estariam escrevendo para o programa e, de certa forma, vai além do cânone porque define o cânone. Em outras palavras, ele diz aos escritores o que eles podem e não podem fazer na tela.
Na página 28, em The Transporter - Uma vez por todas :
... The stream of molecules read by the pads is sent to the Pattern Buffer, a large cylindrical tank surrounded by superconducting electromagnetic coils. It is here that the object to be transported is stored momentarily before actual beaming away from the ship (or even within the ship). It is the Pattern Buffer and its associated subsystems that have been improved the most in the last half-century. While the actual molecules of an object are held in a spinning magnetic suspension (eight minutes before degradation), the construction sequence of the object can be read, recorded in computer memory (in some cases), and reproduced. There are limits to the complexity of the object, however, and this is where the potential "miracle" machine still eludes.
The Transporter cannot produce working duplicate copies of living tissue or organ systems.
The reason for this is that routine transport involves handling the incredibly vast amount of information required to "disassemble" and :reassemble" a human being or other life form. To transport something, the system must scan, process, and transmit this pattern information. This is analogous to a television, which serves as a conduit to the vast amount of visual information in a normal television transmission.
(Nota: isso foi escrito quando toda a TV ainda era analógica e os DVDs ainda não tinham saído - e lembre-se de que poderíamos transmitir sinais de TV antes que pudéssemos gravá-los e mantê-los).
Continuando a citar a mesma passagem:
Storing that information, however, is another matter. In our analogy, it would be like comparing a television (which is incapable of storing an image) to a videocassette recorder, which can store a relatively low-resolution recording of a television program. In order to store the patterns for a human being, one would have to record not only all the atomic and molecular configurations, but all the quantum and energy states of all the electron shells, and the brownian motions of every sub-atomic partical of every atom. While we cannot store all of this incredibly complex information, we can use it as it is being handled in real time.
Assim, as informações e importadas do original e necessárias para reconstruir a duplicata são retiradas do original à medida que são desmontadas e, em seguida, colocadas no "fluxo". (Eu considero que um termo vago, já que tudo, matéria e energia, passa através dos buffers padrão e através de um fluxo real confinado pelo feixe de confinamento anular, ou ABM.) Podemos pular todas as etapas e dizer que o fluxo vai de o original, através de um monte de coisas, para a nova versão, onde quer que seja. E uma vez lá, é montado, partícula por partícula, no novo local.
Agora, sabemos o que é mesmo matéria sólida na maior parte do espaço vazio. Portanto, não seria difícil, cada vez que uma partícula fosse colocada, usar algum tipo de força para repelir qualquer coisa no caminho. Embora isso nunca seja dito, esse processo pega uma partícula real e a coloca no novo local, depois coloca outra molécula e outra. Como as moléculas não estão passando por algum tipo de conversão de energia / matéria ou qualquer outra coisa, mas elas são apenas moléculas, se algo fosse feito com o assunto na área, veríamos algum tipo de explosão da energia. (Cada uma das partículas seria dividida, mesclada ou de outra forma confundida em um nível sub-molecular ou subatômico).
Assim, as moléculas de ar teriam essencialmente de ser retiradas para a construção da forma sólida (ou líquida) de moléculas que fluem para fora do ACB.
Isso também explicaria por que alguém poderia se materializar parcialmente em uma antepara ou algo assim. Mesmo em uma rocha, ainda há espaço entre as moléculas. Não me lembro se vimos uma pessoa ou objeto que se materializou em outro objeto, mas parece que me lembro, parecia que as duas partes estavam apenas fundidas, com uma saindo da outra.
Se algo fosse feito, como "destruir" as partículas que estavam lá, veríamos indicações de explosões ou radiação significativa, o que tornaria o uso do transportador muitas vezes perigoso.