O flange deve ficar em cima do piso acabado, se você não tiver que modificar o encanamento ou encontrar outra maneira de conseguir isso.
Observe nesta imagem como o cano de descarga do vaso sanitário fica dentro da abertura do flange, esse é o modo apropriado de um vaso sanitário se encaixar em um flange. Mesmo sem um anel de cera, não é provável que esta união vaze em circunstâncias normais ( não estou não recomendando que um anel de cera não seja usado ).
Cera como cano de esgoto?
Algumas pessoas recomendam usar um anel de cera mais espesso, ou até dobrar os anéis de cera. O problema é que você acaba com um cano de esgoto feito de cera. Agora isso pode aguentar, mas mais do que provavelmente acabará por falhar e vazar.
Modifique o encanamento
Se você tiver acesso ao flange a partir de baixo, poderá modificar o encanamento para que o flange fique no topo do piso. Na maioria dos casos, no entanto, isso não é uma opção.
Adaptadores
Existem adaptadores disponíveis que resolvem este problema exato. O Kit de Extensor de Flanges para Banheiro da Set-Rite ; descrito nas respostas a esta questão , Vem com diferentes espaçadores de tamanho, o que lhe permite compensar vários tamanhos offsets.