Pelo que entendi, O Oráculo identificou o agente Smith como uma equação, tentando se equilibrar, sendo o oposto de Neo, talvez Neo tenha morrido para que o Agente Smith fosse destruído.
Embora Smith tenha dominado o mundo e se multiplicado em cada programa, ele presumivelmente também se multiplicou em cada ser humano, que foi introduzido na matriz.
Na última cena, onde o Arquiteto diz ao Oráculo, que os "Outros" serão liberados, significa que "vírus", que foi injetado pela fonte em Neo, não matou outros seres humanos que foram possuídos por Smith. .
Isso significa que há uma chance de Neo ainda estar vivo (não só por causa disso, mas também porque, quando Smith foi destruído, Source disse "Está feito", e seria bastante incomum para uma máquina falar com um mas isso também pode significar que, para Smith ser destruído, Neo teve que morrer, porque Smith de alguma forma copiou sua fonte para Neo.
Eu acho que a escolha é deixada para você fazer a sua maldita mente.