Sim, aumenta o arrasto. Qualquer coisa que não seja suave, onde o fluxo de ar será perturbado, gerará arrasto.
O 737 foi originalmente projetado apenas para viagens curtas e o espaço é escasso. Adicionar portas e todos os mecanismos associados adiciona complexidade, peso, requisitos de manutenção adicionais e mais possibilidades de falha.
A Boeing teve muitas oportunidades de adicionar portas e optou por não fazê-lo; para que eles e seus clientes não vejam a penalidade de arrasto mais cara do que o peso extra e a manutenção.