Eu não sei como isso é explicado dentro do universo, mas eu suponho que seja handwavium como quase todas as histórias de super-heróis que não fazem qualquer sentido na realidade.
Você está certo, isso não funciona. Mesmo que o Homem-Formiga seja extremamente strong, ele é quase completamente inofensivo para um ser humano porque ele poderia mover suas extremidades apenas na faixa do milímetro que está totalmente na faixa da elasticidade da pele humana. Se eu pisar nele, ele será capaz de pará-lo e eu reconheço que algo parou meu pé, mas se ele jogar o pé para cima, o pé será acelerado apenas alguns milímetros, o que não faz nenhum efeito. Ele pode rastejar em mim; se ele soca, a pele cede, então o melhor que ele consegue é um pequeno hematoma; ele nem sequer consegue chegar aos ossos. Lembre-se, também, de que ele precisa de um pivô: se ele socar, ele está se acelerando, então ele também só se afastaria do humano. Ele pode tentar rasgar a pele, mas a pele é elástica o suficiente para ser esticada alguns milímetros sem causar danos. Ele pode ser capaz de puxar o cabelo para fora, mas isso é apenas doloroso, não incapacitante. O único dano real que ele poderia fazer seria dentro do corpo (tímpano!).
Também é uma afirmação errada que as formigas são muito strongs. É a boa e velha Lei do Cubo Quadrado em ação: um humano que encolhe perde peso muito mais rápido que a força, então um homem de tamanho de formiga seria capaz de saltar mais alto que uma pulga e matar qualquer formiga sem problema.