A questão de "o alinhamento do personagem deve mudar?" é sempre difícil de responder, e não podemos responder aqui. (Eu diria que, se os personagens não querem particularmente realizar o ato maligno, mas é a única maneira de sobreviver, isso deve ser menos é uma mudança de alinhamento.)
Mas "esse ato em particular é um ato maligno, como faria um paladino cair?" é uma questão mais fácil. Fazer acordos com criaturas do mal é muito mal, e trocar almas é definitivamente o mal. Se o seu paladino concordar com isso, acho que ele está com problemas.
- e, a propósito, esse é o tipo de problema que deve ser claramente telegrafado. Se o paladino vai extrair a alma do gigante, ele deve ser capaz de sentir que o que está fazendo é profundamente maligno e vai colocar em risco seu status de paladino. Por uma conseqüência ruim dessa magnitude, você deve se certificar de que o paladino não tropeça nele acidentalmente.
Mas acho que a pergunta que você está realmente fazendo é algo diferente. Você está perguntando: "Ei, isso não é horrível para o paladino, para ser colocado em um ponto onde ele tem que perder seu status de paladino para sobreviver? Como o Mestre, eu deveria estar realmente fazendo isso?" p>
A resposta é: sim, isso é horrível, e não, você não deveria estar fazendo isso. Seu paladino tentará encontrar uma solução para esse problema que não envolva cometer um ato maligno e perder seu status de paladino. Talvez ele tente intimidar a bruxa para dar ao grupo a resposta de qualquer maneira; talvez ele tente barganhar e oferecer algo diferente de uma alma; talvez o grupo ataque a bruxa. Heck, talvez ele ore por orientação divina.
Qualquer que seja o paladino, você deve se esforçar muito para deixar que ele funcione - isto é, tentar deixá-lo encontrar uma solução que permita que o grupo escape sem violar seu código de conduta.