Sim, mas não em nada que se assemelhe a canon
Aconteceu durante o A Maldição da Morte Fatal , que foi uma paródia da Comic Relief de Doctor Who. Joanna Lumley, de Ab Fab fama, interpretou The Doctor.
No programa normal, no entanto, continua sendo uma possibilidade , pelo menos de acordo com Moffat:
"One day I'm reasonably confident somebody in this [showrunner] role - whether it's me or someone else - will say not, 'Let's cast a woman', they'll say, 'That person, that's the one who could the be the Doctor'. You're just casting someone that you think will set that role on fire. I think for now that is Peter - I thought it was Matt [Smith] before - it's not about the gender thing."
No universo, The Doctor refere-se a The Corsair como especificamente a troca de sexos. Ele é mencionado na série regular durante a The Doctor's Wife :
DOCTOR: The mark of the Corsair. Fantastic bloke. He had that snake as a tattoo in every regeneration. Didn't feel like himself unless he had the tattoo. Or herself, a couple of times. Ooo, she was a bad girl.
Assim, no universo que pode acontecer, fora do universo, foi aludido que isso poderia acontecer especificamente para o Doctor