A resposta está no mesmo episódio que você acabou de citar. A interface telepática da TARDIS funciona de tal forma que explora toda a linha do tempo da pessoa "plugada", a fim de encontrar o destino desejado, como foi explicado anteriormente:
(The Doctor places Clara's fingers into squidgy sections on the Tardis console.)
DOCTOR: Just hold on tight. If anything bites, let it.
CLARA: What is it?
DOCTOR: Tardis telepathic interface. You are now in mental contact with the Tardis, so don't think anything rude.
CLARA: Why not?
DOCTOR: It might end up on all of the screens. The Tardis is extrapolating your entire timeline, from the moment of your birth, to the moment of your death.
CLARA: Which I do not need a preview of.
DOCTOR: I'm turning off the safeguards and navigation, slaving the Tardis to you. Focus on the dream. Focus on the details. Picture them, feel them. The Tardis will track on your subconscious and extract the relevant information. It should be able to home in on the moment in your timeline when you first had that dream. And then, we'll see.
CLARA: What will we see?
DOCTOR: What's under your bed.
(He starts the Tardis flying.)
CLARA: Ooo!
DOCTOR: Okay, now don't get distracted. Remember, you are flying a time machine.
(Clara's mobile phone rings, and the image of Danny greeting her at the restaurant flashes into her mind. As the Doctor walks around the console to her, he passes a blackboard with lots of items chalked on it, beginning with Evolution Perfects. It is what he wrote at the top of the show.)
DOCTOR: No, no. Don't you dare. No, don't. Don't, don't. Just ignore it.
Desde que Danny ligou para o celular de Clara, ela começou a pensar em Danny e foi por isso que eles acabaram na linha do tempo da HIS, quando ele teve o mesmo pesadelo, em vez do dela.
Então, logo no final, quando a TARDIS acabou no celeiro em Gallifrey com a criança Doctor, a resposta parece simples: Clara estava pensando no Doctor quando ela colocou o TARDIS voando, e mais uma vez, ele (ela) levou-os para a noite o doutor teve esse mesmo sonho.
Por que Clara não queria que o médico soubesse onde eles acabaram:
Como o próprio médico disse a Clara no mesmo episódio:
CLARA: Isn't it bad if I meet myself?
DOCTOR: It is potentially catastrophic.
CLARA: So why did you bring me out here?
DOCTOR: I was still talking. I needed someone to nod. Probably best for you to wait in the Tardis.
Então, é potencialmente catastrófico se o Doutor se julgar mais jovem, aparentemente (exceto naqueles momentos em que ele fez exatamente isso, nos episódios de múltiplos médicos).