Para o problema do espaçamento entre blocos, não acho que há muito o que você possa fazer neste ponto, além de extrair tudo e começar de novo.
Para os blocos não montados corretamente no plano, acho que você pode remover cuidadosamente os blocos (apenas o bloco individual), raspar o conjunto endurecido por trás deles e, em seguida, aplicar novamente com o novo conjunto.
Para o thinset espremer para fora, talvez você possa moer isso com uma ferramenta oscilante com um acessório de remoção de argamassa.