Isso soa como Giants 'Star , o terceiro livro da série Giants por James P. Hogan , possivelmente com alguns elementos de outros livros da série (Gentle Gigantes de Ganimedes, que beichst mencionado acima, é o número 2 da série).
Os Jevlenese são 'humanos alienígenas' que vivem no mesmo sistema solar (mas em um planeta diferente de) uma espécie genuinamente alienígena (eu acho que esses são os parceiros / inimigos que você mencionou). Eles observaram a Terra por um longo tempo e interferiram em sua história (IIRC, eles suprimiram a tecnologia humana por milhares de anos antes de decidir impulsioná-la ao invés de alguns séculos atrás.)Esse material está todo no livro 3. O livro 2 apresenta o navio perdido que você mencionou, mas também desempenha um papel nos livros posteriores. (Originalmente ambas as espécies eram nativas do antigo 5º planeta em nosso sistema solar, e esse navio é daquela época, preservado pela dilatação do tempo relativista extremo.)
As espécies verdadeiramente alienígenas são chamadas de 'Ganymeans' porque os seres humanos os descobriram como restos de uma nave espacial destroçada em Ganimedes; é provavelmente de onde vem a referência de Ganymede.