Você recebe selos que mencionam apenas a data e o dia em que você entra e o dia em que você sai contam para a estadia máxima. Não são 90 ou 90 ou 24 horas ou algo assim, mas 90 dias corridos de presença (mesmo parcial) no espaço Schengen.
Em geral, seguir as regras é de sua total responsabilidade. Os guardas de fronteira podem ocasionalmente fechar os olhos, mas planejar sair no último dia de sua estadia permitida e, em seguida, encontrar o seu avião foi cancelado não iria necessariamente salvá-lo de uma multa. Ao escolher não ter um par de dias, você está correndo um pequeno risco.