Thanos está trabalhando nos bastidores para tentar se apossar dos Stones. Ele não é a única força poderosa no universo, e uma vez que se torne conhecido ele está procurando os Stones, aqueles que os possuem tomarão medidas extras para protegê-los rapidamente, e então ele começa tentando recuperá-los sem estar diretamente envolvido.
Em Guardiões da Galáxia, ele tentou fazer com que Ronan conseguisse a Power Stone, e como você diz, em Vingadores, ele deu a Loki o que mais tarde descobrimos ser a Pedra da Mente para recuperar para ele o Tesseract (Space Stone). Nenhum desses planos funcionou do jeito que ele pretendia - Daí a cena do crédito final "Bem, eu farei eu mesmo" do Age of Ultron.
Ele também pode estar esperando por personagens específicos para morrer. Há uma teoria popular que teve o gosto de Odin e The Ancient One ainda por aí, então Thanos teria achado muito mais difícil completar sua coleção.