Sim.
Os titulares de passaportes das Filipinas podem trânsito sem visto através de certos aeroportos canadenses, mas somente quando estiver transitando para ou a partir dos EUA, com um visto nos EUA.
Como você não está indo ou vindo dos EUA, isso não se aplica a você, e você precisa de um visto canadense, já que os titulares de passaportes filipinos normalmente precisam entrar no Canadá.