Se bem me lembro, se Sherlock explicou a razão por trás dele fingindo sua morte para John não foi mostrado no show . Foi deixado para o público fazer uma suposição.
A maneira como John reagiu quando ele conheceu Sherlock pela primeira vez após esse incidente falso, podemos supor que Sherlock não teve tempo para explicar o motivo.
Também pode-se supor que, John percebe que era necessário, já que ele conhece muito bem Sherlock e Sherlock não vai a esse ponto de fingir sua própria morte se houvesse outra saída a situação. Lembre-se, sua única pergunta ao ver Sherlock (e a razão por trás de toda a sua raiva) foi, por que ele não foi informado de que Sherlock ainda estava vivo.