Não há nada que seja necessariamente "ruim" ou deva sempre ser evitado em estoque, mas alguns ingredientes têm qualidades que você nem sempre deseja.
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Verduras escuras (espinafre, couve, etc) podem tornar um estoque amargo e, claro, de cor esverdeada. Repolho também pode dar uma amargura esmagadora.
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Batatas podem ofuscar um estoque de suas amêndoas, então elas não são boas quando você quer um estoque claro para algo como uma sopa ou um consome.
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Os tomates podem dominar os sabores em um estoque leve, mas são um componente crítico na maioria dos estoques escuros (massa de tomate marrom melhora a cor)
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Peles de cebola adicionam um sabor mais profundo, mas peles amarelas ou vermelhas podem mudar drasticamente a cor de um estoque de cores claras.
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A pele e a gordura extra da carne usada às vezes são evitadas para reduzir a quantidade de desnatação necessária mais tarde (eu pessoalmente não roço, a gordura extra não me incomoda)
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Os ossos de peixes muito oleosos (cavala, salmão e truta, por exemplo) são geralmente evitados porque podem fazer um estoque muito strong em sabores específicos para trabalhar em qualquer outro prato. Estoques oleosos de peixes também tendem a ter um odor desagradável.