Não há indicação de que o Lorde das Trevas sabia que ela era uma Maledictus.

Embora possa ser revelado mais tarde que o Lorde das Trevas realmente sabia que Nagini era um Maledictus, não há atualmente nenhuma indicação de que ele (ou qualquer outra pessoa) tenha pensado que ela era outra coisa senão uma cobra que foi transformada em um dos Horcruxes do Lorde das Trevas. Quando vemos os pensamentos do Lorde das Trevas através de Harry, o Lorde das Trevas pensa em Nagini como uma cobra - nada mais.

“He would visit the Gaunt shack first, then, and take Nagini with him: he would not be parted from the snake any more … And he strode from the room, through the hall and out into the dark garden where the fountain played; he called the snake in Parseltongue and it slithered out to join him like a long shadow …”
_{^{- Harry Potter and the Deathly Hallows, Chapter 27 (The Final Hiding Place)}}

Além disso, ele mentalmente se refere a ela com o pronome “it”, o que seria uma escolha estranha de palavras se ele tivesse pensado que Nagini já foi uma mulher humana - embora ele nem sempre as respeite, ele nunca é chamado de de seus seguidores humanos, homem ou mulher, "isso".

Ele se comunica com ela, então é possível que ele saiba.

Embora não haja nenhuma indicação de que o Lorde das Trevas pensou em Nagini como algo mais do que uma cobra, ele era um ofidioglota e podia se comunicar com ela, então presumindo que ela soubesse e lembrasse de sua própria história, ele poderia ter descoberto isso dela .

“After an interval of some years, however, he used Nagini to kill an old Muggle man, and it might then have occurred to him to turn her into his last Horcrux. She underlines the Slytherin connection, which enhances Lord Voldemort’s mystique. I think he is perhaps as fond of her as he can be of anything; he certainly likes to keep her close and he seems to have an unusual amount of control over her, even for a Parselmouth.”
_{^{- Harry Potter and the Half-Blood Prince, Chapter 23 (Horcruxes)}}

A ligação mental com Nagini, que foi o que permitiu que ela ligasse para ele quando ela capturou Harry para ele, então seria teoricamente possível que ele soubesse.

    

Nós não saberíamos até que JKR dissesse a idéia dela e, dado que Nagini é uma grande parte da nova história, deve haver alguma informação na mente de JKR sobre como ela terminará com Voldemort. Então provavelmente vamos aprender isso eventualmente.

Considerando as informações que temos agora, eu diria que ele deveria saber quem era Nagini.

Primeiro, ele poderia falar com ela diretamente e ele aparentemente tem aquele poder especial que os Parceltongues têm sobre cobras. Então, se ele perguntasse o que ela era, ela diria a ele. E, quero dizer, você não apenas encontra uma cobra mágica gigante sem se perguntar o que é essa coisa, de onde é e do que é capaz, não é? Especialmente porque sabemos que Voldemort gostava muito da cobra, como Dumbledore disse a Harry:

I think he is perhaps as fond of her as he can be of anything…

Não podemos ter certeza de que, ao transformar animais em bons maledictus (maledicti), preservem sua consciência humana e suas memórias. Nós realmente não temos nenhuma informação sobre isso até agora. Então, Nagini contaria a Voldemort sua história se ela se lembrasse de si mesma.

Mas Voldemort não podia falar apenas com ela. Ele realmente poderia possuí-la entrando em sua mente. E pelo que Harry experimentou, não foi apenas como olhar através de seus olhos, era como ser a cobra e sentir tudo o que ela sentia, compartilhando seus pensamentos também. Dado que Voldemort poderia fazer isso, eu não posso ver como ela poderia esconder nada dele.

Então, eu acredito que qualquer informação que ela tenha sobre si mesma compartilhou com Voldemort. A única questão é quanto do seu passado ela ainda se lembrava quando o conheceu?