A coisa toda
Uma Hydra não é uma criatura múltipla. É uma criatura com várias cabeças.
Lenta:
You alter time around up to six creatures of your choice in a 40-foot cube within range. [...] An affected target's speed is halved, it takes a −2 penalty to AC and Dexterity saving throws, and it can't use reactions.
PHB277
O feitiço tem como alvo criaturas.
Os únicos benefícios que uma Hydra tem de ter várias cabeças são ...
- While it has more than one head, the hydra has advantage on saving throws against being blinded, charmed, deafened, frightened, stunned, and knocked unconscious.
[Snip part about losing heads and regenerating them, as this is not relevant to the question]
- For each head the hydra has beyond one, it gets an extra reaction that can be used only for opportunity attacks.
MM190
Não há nada aqui que afirme que as cabeças de uma hidra contam como criaturas diferentes. Se o fizessem, eles se moveriam separadamente na ordem de iniciativa.
Para atingir uma criatura com o feitiço Lento, você só precisa de linha de efeito.
To target something, you must have a clear path to it, so it can't be behind total cover.
PHB203
Sua cabeça está saindo, por isso não tem cobertura total. Lento nem sequer especifica que você tem que escolher alvos que você pode ver.
Assim, sim. Lançar Lentamente até mesmo uma única cabeça de uma Hidra atinge toda a criatura (e sim, desliga TODA a capacidade de usar Reações para Ataques de Oportunidade).