Não viola a Primeira Diretriz, é antiético por outras razões
Nem toda a ética faz parte da Diretiva Prime, na verdade, ter uma Diretiva Prime implica outras Diretivas. O tardigrade é um indivíduo e não uma sociedade, a ética que governa seu uso como um componente é, como dito, porque é senciente. Isso é "capaz de perceber e sentir coisas" não é uma máquina não senciente ou um mecanismo biológico. A ética atual aplicável que não teria desaparecido do pensamento humano / federação no século 23 é a seguinte:
O filósofo Immanuel Kant disse que os seres humanos racionais devem ser tratados como um fim em si mesmos e não como um meio para outra coisa. Uma extensão lógica disso é que mesmo a vida senciente não-humana, não racional, deve ter o direito de não ser tratada como "coisas", isto é, objetos não-sencientes.
O quanto qualquer regra ou ética, por mais nobre que seja, sobrevive a expediente de guerra, é em parte o que Star Trek Discovery está explorando.