Unidades externas (ou internas - mesma unidade, caso diferente) não terão problemas com viagens aéreas comerciais. Raios-X não os afetam, e qualquer vibração em vôo capaz de danificar um drive de disco também destruirá o avião.
Agora, supondo que esteja desativado. As unidades de corrida não gostam de ser arremessadas, mas isso também se aplica à sua mesa. Como Ital mencionou a altitude é um fator para girar unidades, mas os limites de altitude estão bem acima da pressão padrão da cabine. Se as máscaras amarelas saírem do teto, é hora de colocar seu computador de qualquer maneira, já que você vai pousar muito em breve.
Então, a menos que você desça as escadas, ou caia do carrinho de bagagem e seja atropelado por um rebocador de aeronaves, tudo ficará bem.