Desde que seja x-rayable, ele deve ficar bem. Não é garantido, mas da mesma forma que sua bolsa permanece fechada, eles ainda podem digitalizá-la.
No entanto, como esses dias, muitas vezes, solicitam a remoção de laptops, etc., para verificação separada, eles podem exigir isso de você. Mas isso é apenas para separá-lo do resto de sua bagagem - contanto que a caixa em que está é escaneável, você deve estar completamente bem. Não há nenhuma razão para que eles queiram ou precisem abri-lo, a menos que tenha algo suspeito por dentro, e eu garanto que eles já escanearam iPads suficientes para serem apenas 'ugh, outro iPad'.
Um passo adicional é se esta conferência estiver em outro país, a alfândega no país de destino pode exigir que você a declare, especialmente porque não é para você. Mas, novamente, eles não terão motivos para abrir e pesquisar, é apenas para fins fiscais, neste caso, e apenas um não deve ser motivo de preocupação.
(aviso habitual, IANAL = não sou advogado)