Em Capítulo 6 da AGOT , Catelyn lembra:
Ned brought his bastard home with him, and called him "son" for all the north to see.
Em Capítulo 41 do ADWD , Lady Dustin diz:
He told me that my lord had died an honorable death, that his body had been laid to rest beneath the red mountains of Dorne. He brought his sister's bones back north, though, and there she rests.
Então, temos contas separadas que ele pessoalmente retornou para casa com cada uma delas. Considerando a duração da viagem, provavelmente não seria viável para ele ter feito várias viagens para o sul. E, de qualquer modo, não há menção de uma segunda viagem ao sul depois que Ned retornou a Winterfell.
Baseado em toda essa informação, Ned presumivelmente voltou para casa ao mesmo tempo com o corpo do bebê Jon e Lyanna.