Algumas possíveis razões:
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Nos casos em que há muitas pessoas em pé, você não quer que alguém se sente no primeiro assento disponível, apenas para que o detentor original do assento chegue um minuto depois (repita como tanto quanto você gosta), causando confusão e atrasos. Assim, na maioria dos casos, isso provavelmente não é tão rigorosamente aplicado, é apenas uma maneira rápida e fácil de evitar as cadeiras de música em um momento em que a equipe geralmente está ocupada preparando a cabine para o pouso.
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Alguns dos requisitos (por exemplo, distribuição de peso) podem ser importantes em algumas aeronaves e não em outras na mesma frota. É muito mais fácil ter um idioma consistente, mesmo que não se aplique em todos os casos. Observe que, mesmo em aviões maiores, pode acontecer que o peso seja deslocado o suficiente se o vôo não estiver muito cheio. Eu acredito que houve uma discussão sobre este assunto não muito tempo atrás.
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Às vezes um voo pode partir com algum equipamento inoperante (eu tive o caso uma vez de um 747 com um slide de emergência com defeito, por exemplo), você não quer pessoas na área afetada (o que seria apenas um problema durante a decolagem e aterrissagem). Também pode haver assentos defeituosos não imediatamente aparentes, mas que podem se tornar um problema durante o pouso (cinto de segurança com defeito, colete salva-vidas faltando, assento que não trava na posição correta ...). Esses assentos teriam sido bloqueados durante o check-in ou o embarque, e ninguém deveria ter recebido nenhum desses assentos.
Em suma, acho que é mais uma combinação de fatores e uma abordagem "tamanho único". É muito mais fácil apenas dizer a todos para voltarem aos assentos designados do que decidir exatamente se e quando eles realmente precisam.
Naturalmente, nos casos em que existem motivos de segurança específicos reais (por exemplo, assentos defeituosos), a equipe geralmente verifica se eles não são usados e aplicam a regra, mas se eles podem economizar alguns minutos em um horário ocupado, sempre melhor.