Simplificando: Não é o mesmo universo (narrativa ou física), apenas uma terminologia similar (que aparece em outros livros de Herbert sem explicação). Acho que essa foi uma convenção que Herbert usou em sua escrita.
Versão complicada (no universo):
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O navio explicou que foi para muitos universos diferentes para pegar humanos, e esses humanos vieram de muitos pontos diferentes em suas histórias. isso foi no capítulo inicial do Incidente de Jesus, quando Raja Lisonja está revivendo da hibridação.
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Esses humanos trouxeram muitas coisas com eles e parece que o navio limitou o acesso a apenas um pequeno conjunto de tecnologias. (referenciada através do livro) - então por sorte aleatória Lasguns apareceu.
Fora do Universo:
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O próprio envio é uma tecnologia muito avançada sobre qualquer coisa feita pelos Mundos Sincronizados (para aqueles que aceitam as prequelas), Ix ou mesmo a Enciclopédia de Dunas. Omnius e Erasamus não eram nada tão sofisticados quanto Ship. Podemos considerá-los a antítese de Ship.
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A tecnologia e-Clone era primitiva em comparação com a biotecnologia Tleilaxu. Os "tanques axolotl" referem-se ao mesmo animal, mas é aí que a comparação termina. A atitude em relação à tecnologia foi completamente diferente.
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Nenhuma inteligência alienígena aparece em Dune a qualquer momento. A única biologia alienígena em Dune são as minhocas, que permanecem inexplicadas até hoje. (e não pode ser alienígena)
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Herbert usa Ship e Muad-Dib / Leto II para explorar tópicos semelhantes em desenvolvimento humano e tecnologia. Um é sobre um computador divino, o outro sobre um super-humano divino.