É claro que a verdadeira resposta é a que @ ewanm89 sugere em seu comentário - deu aos cineastas uma desculpa para filmar uma cena enorme de zumbis e mostrar os combates de Alice.
No universo, Alice nunca explica suas razões para passar pelo cemitério; muito provavelmente era apenas para ser a "saída de volta" da igreja. No entanto, sua pergunta em si pode ter tropeçado menos em uma justificativa legítima para seguir esse caminho:
Related question: how would those who had already been buried have been infected by the T-Virus? Most of them showed fairly advanced decomposition.
Sabe-se que o T-virus pode reanimar pessoas mortas e lhes dá um strong desejo de matar e devorar tecidos vivos. Tanto quanto sabemos, é transmitido através do ar ou através da troca de fluidos corporais (particularmente saliva de mordidas). Como você apontou, isso faz com que seja aparentemente improvável que cadáveres enterrados no solo tenham um vetor de infecção. A maioria das pessoas vivas tendem a evitar cemitérios, tornando-se uma pobre fonte de vítimas para os zumbis já animados. E, se alguma coisa reanimara nas sepulturas, esperávamos que seus corpos estivessem tão decompostos que ficariam quase inofensivos. Esta última parte não é verdadeira, dado o funcionamento do T-virus, mas lembre-se de que ninguém na igreja sabe muito sobre o vírus ainda.
Dado tudo isso, especialmente em uma situação de emergência, quase faz sentido arriscar o caminho de volta menos explorado através de um cemitério do que tentar sair correndo pela porta da frente.