Você sempre precisa declarar qualquer coisa que esteja importando, mesmo se estiver abaixo de um limite de isenção. Isenções criam imunidade de impostos e deveres, não uma imunidade da responsabilidade de declarar.
Eu declararia as mercadorias no valor com a restituição esperada do imposto deduzida e informaria ao funcionário da fronteira que fiz isso. Se isso estiver errado (tecnicamente, você ainda não recebeu uma restituição de impostos), o oficial de fronteira lhe dirá.
Eu sei que você está discutindo a Índia, mas vindo para o Canadá trazendo mercadorias de Dakota do Norte, um estado dos EUA que permite aos canadenses uma restituição de imposto sobre vendas, declaro que é líquido de reembolso e avisou que o fiz, e sempre foi permitido. Concedido, nas passagens de fronteira na minha província do Canadá, os policiais estão bem conscientes de que estas restituições existem e isso provavelmente ajuda.
Sempre declare e pergunte sobre o efeito do reembolso. Na maioria dos países, os oficiais de fronteira são suficientemente cooperativos para orientá-lo no processo.