Em geral sim: não há problema em usar um passaporte para o país A e outro para o país B. A maioria das passagens de fronteira consistem em dois pontos de verificação independentes: saída do país A (com equipe e operada pelo país A) e entrada no país B (com pessoal e operado pelo país B).
O ponto de verificação A processará sua saída e você deverá usar o mesmo passaporte que usou para entrar no país A. O ponto de verificação B processará sua entrada no país B e você poderá usar um passaporte diferente para isso. Em muitos casos, A realmente não se importa com o que acontece em B e vice-versa.
CAVEAT: Embora eu tenha feito isso algumas vezes e nunca tenha tido problemas, cada combinação de passaporte e ponto de controle de fronteira é diferente e pode ser governada por diferentes regras locais. Eu não tenho conhecimento real do seu caso específico e recomendo entrar em contato com os consulados para aconselhamento específico.